内容同质化、版权陷阱、产业链条尚未建立、用户阅读习惯尚未养成、与传统媒体的关系等诸多难题都是电子杂志目前存在的问题，而众多弊端归根结底还在于商业前景的模糊。
    目前，电子杂志在中国市场全部是免费发放，所有盈利模式都围绕广告展开。电子杂志的广告盈利模式打破了传统杂志内容和广告必须捆绑在一起的弱点，运用技术实现广告和内容的分离。而且，这种广告和内容的搭配还可以动态变化，采取轮播等新形式。这种多元性还体现在广告的购买方式上，广告主可以按传统的方式购买版面，也可以按照广告被读者打开的次数进行购买。甚至可以将广告本身以电子杂志的形式通过平台进行发行。电子杂志可以通过对每本杂志的阅读数进行精确统计，然后付一定的费用给内容提供商，取得杂志内容的授权，再以此赚取广告费。也可以由杂志自身经营广告，根据杂志的阅读数，内容提供商付费给平台。
    虽然越来越多的风险投资开始介入到电子杂志领域，但是，电子杂志推广的市场并不是没有风险。Xplus数通曾经酝酿把一本在市面上售价10元的杂志以2元的价格进行在线付费订阅，这个动作还未执行就在已经习惯了免费互联网服务的用户中引发了不小的波动，最终Xplus决定未来2～3年内对用户继续执行免费订阅的策略。
显然，习惯了免费午餐的人们对收费这根神经还是非常敏感的。内容同质化、版权陷阱、产业链条尚未建立、用户阅读习惯尚未养成、与传统媒体的关系等诸多难题都是电子杂志目前存在的问题，而众多弊端归根结底还在于商业前景的模糊。可以说，现在的电子杂志行业还处于探索阶段，对于盈利只有模糊的认知，就如同当初的门户网站一样。
    仔细地观察这个市场，人们不难发现，处于起步阶段的电子杂志想要发展壮大，还必须解决几个致命问题：其一，原创内容。一本独立发行的杂志，应该有自己原创的内容或者从独特视角对资讯进行加工的能力，一味把娱乐资讯类杂志内容电子化、多媒体化，虽然图片精美，页面也很漂亮，却仍然不能解决杂志对读者的持续吸引力问题。其二，发行权限制。传统杂志发行必须要有刊号，未来的电子杂志发行也必然会受到政府主管部门的监督，这是行业面临的政策风险。其三，版权问题。目前电子杂志的制作过程中，客观地存在着大量复制网络现存资源的情况，这在一定程度上有可能导致著作权纠纷。其四，是如何提高广告主的认知能力。毕竟，目前的电子杂志的发散性平台用户并不多，内容质量也不如传统媒体那么有保障，要想让广告主充分认知它的价值，还需要多方的宣传。而且，电子杂志在中国市场目前全部是免费发放，所有盈利模式都围绕广告展开，这样的经营模式比较单一，积聚的风险也难以释放。
    那么，就没有好的途径解决这些问题？当然不是，模式的创新需要整个行业去挖掘。比如，目前有一些厂商开始关注并接受电子杂志，而且还聪明地利用电子杂志做市场推广。长城、联想等都开始创办电子杂志，不少厂家的负责人都表示：将把电子杂志作为企业推广的重点。乍看上去，电子杂志似乎与企业的营销没有太大关系，但从理论上讲，如果企业能利用这种新的多媒体传播平台，对自己的营销是有百利而无一害的。数字化、网络化的新媒体发展，突破了传播的介质壁垒，降低了传播的边际成本。由于电子杂志平台的性价比高，广告表现力强，因此，前景还是值得看好